Trước năm 1988, địa bàn thị trấn Đăk Tô là một phần của xã Tân Cảnh.

Năm 1988, Hội đồng Bộ trưởng ban hành Quyết định 96-HĐBT phân vạch lại địa giới hành chính huyện An Khê một số xã, thị trấn thuộc tỉnh Gia Lai-Kon Tum[4]. Theo đó, thành lập thị trấn Đắk Tô trên cơ sở một phần tách các thôn 2, 3, 4 của xã Tân Cảnh.

Thị trấn Đắk Tô có 2.530 hécta diện tích tự nhiên và 4.818 nhân khẩu.

Ngày 9 tháng 6 năm 2008, Chính phủ ban hành Nghị định 74/2008/NĐ-CP về việc điều chỉnh địa giới hành chính xã, thành lập xã thuộc huyện Sa Thầy, huyện Đắk Tô và thị xã Kon Tum, tỉnh Kon Tum[5]. Theo đó, điều chỉnh 520 ha diện tích tự nhiên, 762 nhân khẩu của xã Pô Kô và 72 ha diện tích tự nhiên, 1.263 nhân khẩu của xã Diên Bình về thị trấn Đắk Tô quản lý.

Sau khi điều chỉnh, thị trấn Đắk Tô có 3.994,40 ha diện tích tự nhiên và 10.869 nhân khẩu.